Conforme lo define el Acuerdo 10 de 2010, o Estatuto General de la Unidad de Salud, el Consejo de la Unidad de Salud tiene a su cargo la Dirección de la entidad y se encuentra integrado por seis (6) miembros; 3 de ellos elegidos por votación popular entre los grupos de afiliados que representan bien sean docentes, administrativos o pensionados; dos (2) miembros por delegación directa del Rector o del Consejo Superior y el Director de la Unidad de Salud quien actúa como secretario del Consejo de Salud, con voz pero sin voto.